Como conductor de milicias gauchas y referente político de una región alejada de los centros de poder, Güemes quedó durante décadas en un segundo plano dentro de los relatos históricos más difundidos.
Incluso la prensa de la época reflejaba la fuerte oposición que despertaba entre algunos sectores. Tras su muerte, una publicación de 1821 llegó a referirse a él como "el abominable Güemes", una muestra del clima político que rodeó sus últimos años.
Con el paso del tiempo, investigaciones históricas y nuevas miradas sobre el proceso independentista permitieron revalorizar su aporte militar y político. Hoy existe consenso acerca de la importancia que tuvo en la defensa de la frontera norte y en la consolidación de la independencia.