No obstante, la arremetida de la gestión de La Libertad Avanza contra el instituto se remonta a inicios del gobierno. Al respecto, el oficialismo busca sostener el superávit a como dé lugar, y entre los principales recortes que incluyen obra pública, jubilaciones/PAMI, programas sociales y de salud, y financiamiento universitario, aparece también el INTI. El organismo sufrió un recorte del 43,4% de su presupuesto desde 2023, medido en términos reales (considerando el efecto de la inflación). En 2025, su financiamiento cayó 32,1% y fue subejecutado. A su vez, para 2026, se proyecta un deterioro del 6,5%.